Há 30 anos, os extra-terrestres fizeram o primeiro contacto com os humanos. Eram refugiados, os últimos sobreviventes do seu mundo. As criaturas instalaram-se no Distrito 9 na Árica do Sul, enquanto as nações decidiam o que fazer com eles.
Agora, esgotou-se a paciência com essa situação. Uma empresa multinacional controla os extra-terrestres, sem preocupação com o seu bem-estar, e com o objectivo de fazer funcionar o seu estrondoso armamento. Até ao momento isso não foi conseguido, pois a activação do armamento requer o DNA extra-terrestre.
A tensão entre humanos e extra-terrestres atinge o pico quando um funcionário da multinacional descobre um vírus que vai mudando o seu DNA, sendo a chave para desbloquear a tecnologia extra-terrestre e os seus segredos.